合作医疗办理流程如下：1、各村参合人员以户为单位向本村村委会提供居民户口本，有村委会负责对本村符合条件人员的基本情况进行核实；2、由各包村干部对其所包行政村的参合人员核查统计表及所提供材料，进行初步审核把关；3、乡卫生工作办公室对包村干部初审后的资料进行复核验收；4、各村参合人员资料经乡卫生办复核验收后，各村以村为单位将登记结果张榜公示，接受群众监督；5、无异议后进行盖章确认；6、合作医疗办理后可以行使正常的报销申请手续，随后，提交报销所需要的相关申请材料，提交材料的地点在参保人所需的社保基金管理局各分区的社保分局医保科。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。